O Curso de Licenciatura Indígena (CLI) da Ufac teve início no ano de 2008, ainda chamado de Curso de Formação Docente para Indígenas, com sua primeira edição composta por 29 alunos representantes de 11 povos indígenas: Kaxinawá, Ashaninka, Puyanawa, Nukini, Shawãdawa, Katukina, Yawanawá, Shanenanawa, Manchineri e Jaminawa do Acre; e Marubo do Amazonas. No ano seguinte, mais 37 alunos ingressam no curso e, no ano de 2014, um total de 51 discentes compõem a primeira turma de formando do CLI.

Reformulado em 2015, o CLI se apresenta como um curso de perfil norteador para a formação de um profissional com habilidades para desempenhar funções docentes nas escolas indígenas, atendendo a demandas das próprias comunidades. O curso de desenvolve de forma dinâmica, em fases presenciais no campus universitário, e em fases intermediárias que ocorrem nas aldeias, distribuídas de forma flexível no calendário acadêmico. O CLI oferece três áreas de formação: Linguagens e Artes, Ciências da Natureza e Humanidades; complementadas por uma área transversal comum, as Ciências da Educação.

O curso possui uma abordagem interdisciplinar de conteúdos e conhecimentos estruturados tanto nas tradições dos povos originários quanto nas bases da ciência hegemônica, com vistas a construir uma perspectiva aproximada à singularidade de condições, de pressupostos e da história dos povos indígenas. Em sua segunda edição, o CLI formou em 2022 a segunda turma, com 46 alunos, ingressantes no ano de 2017, representantes de cinco etnias: Kaxinawá, Nukini, Apolima Arara, Shanenawa e Nawa. Atualmente, o curso está com nova turma ingressante em 2023, com representantes de oito etnias: Apolima Arara, Kaxinawá, Katukina, Nawa, Nukini, Puyanawa, Shanenawa, Yawanawá.

Ingresso no curso: Ocorre por Processo seletivo próprio a ser definido em Edital específico elaborado pela UFAC para indígenas com Ensino Médio completo. É o único curso do campus Floresta da Ufac a ter alcançado conceito 5 em avaliação do Ministério da Educação.